واهتمت الجامعة منذ بداياتها الأولى بالبحث العلمي؛ لأنه الذراع الثانية للخدمات التي تقدمها المؤسسات التعليمية، ومنذ أن أنشأت الجامعة وكالةً للدراسات العليا والبحث العلمي، رسمت من خلالها سياسة واضحة لدعم وتشجيع البحث العلمي، حيث وضعت برامج لدعم البحوث العلمية بنظم تمويل داخلية وخارجية، وأنشأت مجموعة من المراكز البحثية المتخصصة العالمية لتغطي مجالات بحثية كثيرة، كما تسعى إلى أن تنمي الاهتمام بأحدث مجالات البحث، وتعمل على إجراء تطبيقات بحثية متميزة على مشكلات المجتمع والبيئة في الطائف، وذلك إيمانا منها بارتباط البحث العلمي بأداء وظيفة اجتماعية يخدم فيها البحث العلمي المجتمع المحيط به، حيث أخرجت هذه المختبرات أكثر من (10,000) ورقة بحثية منشورة في مختلف التخصصات العلمية والإنسانية على موقع العلوم العالمي (Web of Science).